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우리나라는 대부분 해양파충류의 분포범위 가장자리에 위치하여 개체군의 밀도가 매우 낮고 산란지가 존재하지 않아 다양한 연구방법의 적용이 제한적이고 비효율적 이다. 따라서 본 연구에서는 한국에서 가장 많이 발견되는 해양파충류 3종(붉은바다 거북, 푸른바다거북, 넓은띠큰바다뱀)의 환경유전자(environmental DNA, eDNA) 마커 를 개발하고 모니터링 방법을 구축한 뒤, 시범적으로 모니터링을 수행하여 개선점을 파악하고자 하였다. 종특이적 마커의 개발은 프로그램 상 개발, 프로그램 내 검증, 조직 DNA를 이용한 검증, 수조 eDNA와 국외 서식지 eDNA를 이용한 검증을 통하여 수행되었다. 개발된 마커는 국내 해양환경을 대상으로 붉은바다거북 ‘23년 10개 지 점, 푸른바다거북 ‘22년 17개 지점, 넓은띠큰바다뱀‘21년 10개 지점에서 모니터링 을 수행하였다. 붉은바다거북와 푸른바다거북은 2월부터 격월로 10월까지 샘플링를 수행하였고 넓은띠큰바다뱀은 9월부터 11월까지 매월 샘플링을 수행하였다. 연구 결 과, 국내 해양파충류 3종을 위한 종특이적 eDNA 마커 3세트(Crcr29, Chmy11, Lase_cytb_10)를 개발 및 검증하였다. '23년도에 수행된 붉은바다거북의 국내모니터 링 결과, 제주 2개 지점에서 채수한 샘플에서 붉은바다거북 eDNA를 검출하고 염기 서열 분석을 통해 재차 검출을 확인하였다. 푸른바다거북은 총 7개 지점에서 채수한 샘플에서 푸른바다거북 eDNA를 검출하였다. 넓은띠큰바다뱀은 11월에 가장 높은 검 출빈도를 나타냈다. 본 연구를 통하여 세계적으로 사례가 적은 해양파충류의 eDNA 마커를 개발, 검증하고 모니터링에 사용하여 유용성을 평가하였다. 현재까지 국내 해 양파충류의 모니터링은 수동적인 방법만이 가능한 상황임을 고려할 때, eDNA 마커 를 활용한 모니터링 방법은 해양파충류 전체의 능동적 모니터링을 가능하게 할 매우 유용한 조사 및 연구방법이 될 수 있을 것으로 제안한다.