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버섯 푸른곰팡이병을 유발하는 주원인균인 Trichoderma의 감염으로 버섯 생산량과 품질이 저하되는 문제를 일으키고 있다. 현재까지의 분자표지 기술들은 일부 병원균에서만 특이적인 밴드가 검출되거나 같은 종이지만 다중 밴드가 검출되는 문제점으로 푸른곰팡이 병원균을 한 번에 검출하기 어렵고, 다중 밴드로 인해 결과 해석에 어려움을 겪고 있다. 따라서 본 연구에서는 버섯에 발생하는 푸른곰팡이 Trichoderma 병원균을 신속하고 정확하게 검출하기 위한 분자표지를 개발하고자 하였다. 실험을 위한 균주는 국립농업과학원 농업생명자원에서 분양받은 Trichoderma harzianum (KACC 40549, 40787), Trichoderma koningii (40779), Trichoderma atroviride (42248), Trichoderma longibrachiatum (44701) 를 사용하였으며 균주 배양 후 DNA 추출을 진행하였다. 균주를 구분하는 유전체 부위를 탐색하고 염기서열을 분석 후 Trichoderma 속의 구분 유전자좌 염기서열을 비교하여 분자표지를 작성하였으며 개발된 분자표지는 각각 Trichoderma속, Trichoderma longibrachiatum 종에서만, Trichoderm harzianum 종에서만 증폭되는 세 개의 표지가 개발되었으며각각 498bp, 339bp, 529bp 증폭산물크기 band의 유무로 판단 가능하였다. 본 결과는 PCR 후 전기영동으로 신속하고 정확하게 진단 가능한 방법으로 푸른곰팡이 없는 종균과 버섯 생산에 활용할 수 있을 것으로 판단된다.