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팽이(Flammulina velutipes)는 주름버섯목(Agaricales), 뽕나무버섯과(physalacriaceae)에 속하는 담 자균류로서, 한국에서 느타리, 큰느타리 다음으로 생산량이 높은 대표적인 식용버섯이며 버섯 수출량 의 39%(‘17)를 차지할 정도로 수출효자품목으로 알려져 있다. 국내의 팽이 재배품종은 주로 일본에 서 개발된 품종을 도입하여 사용하고 있어 국산품종의 개발이 중요하며, 현재 백색팽이에 국한된 버 섯시장에서 새로운 색깔을 띠는 품종 육성으로 생산자의 신소득을 창출하고 소비자의 선택폭을 넓힐 필요가 있다. 이에 본 연구는 팽이 유전자원에서 자실체 색깔 관련 형질을 조기에 선발하기 위해 팽 이 RNA-seq data를 기반으로 HRM(High Resolution Melt) 분석방법을 이용하여 팽이 품종의 백색계 와 갈색계를 구분할 수 있는 효율적인 SNP 분자표지를 개발하고자 한다. 팽이 25종의 re-sequencing data를 reference genome과 비교하여 각 샘플의 raw SNP를 얻고 이를 이용해 팽이 25종 간의 통합 SNP matrix 작성하였다. 백색과 갈색 팽이간의 polymorphic SNP 14,749개 중 백색형질 연관 후보영 역 내에서 polymorphic SNP 240개 선발하였다. 후보 SNP 240개 중 HRM primer-set 31개를 제작하 여 HRM 분석 결과, 백색과 갈색팽이를 구별할 수 있는 SNP 마커 5개를 최종 선발하였다. 5개 SNP 마커의 공통적인 특성은 백색의 melting curve에서 variation은 거의 없으나, 동일한 갈색 내에서 melting curve의 variation이 백색보다 컸으며 이는 다형성이 큰 갈색팽이의 표현형적인 특성이 melting curve에 그대로 반영이 된 것으로 해석된다. 본 연구결과는 팽이 색깔 연관 SNP 마커를 활용하여 목 표 형질의 조기 선발을 가능케 하며 버섯의 다양한 색 변화에 관한 분자기작연구의 참고자료로 이용 될 수 있다.