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버섯배지의 잡균오염을 막기 위해 상압살균, 고압살균, 발효 등이 활용된다. 이 중 발효방식은 폐면 또는 면 실피 등을 주재료로 하여 균상재배에 주로 이용되는데, 장기간이 소요되고 작업이 불편하며 발효상태가 불완 전한 문제점이 있었다. 2000년대부터 전통방식을 탈피하여 배지재료 침수, 혼합, 살균 및 후발효 등을 일괄처 리하는 기계가 다수 개발되었다. 버섯 배지재료의 침수 혼합 발효 살균장치(2002), 1축2겹 링-스크류 교반식 버섯배지제조방치(2004), 버섯재배용 배지제조기(2010), 버섯재배용 배지 제조 살균장치(2016) 등이 특허등록 되어 있는데, 버섯재배용 배지제조기(2010)는 강원도내외 다수의 버섯농가에서 느타리버섯 봉지재배에 활용 되고 있다. 콘크리트 혼합기를 버섯배지 발효에 이용하는 방식(일명 통돌이)인데, 배지재료와 물을 투입하고 발효조를 회전시키면 여러 가지 균이 호기적으로 자라면서 열이 발생된다. 이에 따라 내부 온도가 높아지면 서 우점균의 천이가 이루어지고 최종적으로 방선균 등 고온성미생물만이 남게 된다. 발효가 완전히 끝나면 곰팡이 포자나 세균은 자랄 수 없고 균사만이 자랄 수 있는 환경이 된다. 배지발효의 과정은 전발효(재료투 입 ~ 60°C 도달)-살균(60°C, 약 10시간)-후발효(50°C, 약 24시간)-냉각의 4단계로 구성되어 있다. 강원도농업기 술원에서는 느타리버섯류 수출용 배지연구를 위하여 미니발효기(건배지 50kg)를 제작하여 활용하고 있다.