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지금까지 목이버섯은 크게 Auricularia속에 속하는 흑목이버섯(A. auricula-judae)과 털목이버섯(A. polytricha), 주름목이(A. mesenterica)로 구분되어졌다. 특히, 흑목이버섯은 발생지가 다르더라도 형태적 특성이 비슷하 면 하나의 종(A. auricula-judae)으로 분류되었다. 하지만 최근 국내외 연구결과에 따르면 목이버섯의 ITS 분석을 통한 계통분류을 통해 기존에 알려진 A. auricula-judae와 구분되어지는 새로운 종들이 발견되고 있 다. 전남농업기술원에서는 목이버섯을 지역특화품목으로 정하고 목이버섯의 육종, 재배연구를 하고 있으 며 이를 위해 다양한 목이유전자원을 보유하고 있다. 보다 더 효율적인 목이버섯 연구 및 보유 목이버섯 유전자원의 명확한 종분류를 위하여 ITS 분석을 이용한 유전자원의 계통분류를 진행하였다. 보유한 목이 버섯 균주 25종과 기존에 알려진 Auricularia속에 속하는 종들의 ITS 서열을 분석한 결과 ITS 영역의 염기 갯수는 507~540bp로 0~33개의 변이를 보였다. 또한 각 균주들의 ITS 염기서열간의 유사성을 비교해본 결 과 84.1~100%의 상동성을 보였으며, Neighbor joining analysis에 의해 계통수를 작성했을 때 크게 3그룹으 로 분류되었다. 그룹A에는 A. polytricha가 속했으며, 그룹B에는 A. villosula, 그룹C에는 A. heimuer가 속하 는 것으로 나타났다. 털목이는 모두 A. polytricha종에 속했으며, 흰색털목이 또한 A그룹 속하는 것으로 보 아 새로운 종이 아닌 A. polytricha종의 변이종으로 확인되었다. 그리고 그동안 모두 A. auricula-judae종으 로 분류되었던 흑목이버섯이 A. villosula종과 A. heimuer종으로 확인되었다. A. villosula종은 중국에서 처음 발견되었고 중국 및 러시아 극동지역에서 발생하는 목이버섯이며, A. heimuer종은 아시아지역, 특히 중국 에서 발생하는 목이버섯으로 중국에서 소비되는 목이버섯의 대부분을 차지한다. 이번 분석을 통해 한국 에서 발생하는 흑목이버섯이 A. auricula-judae종이 아닌 A. heimuer, A. villosula종임을 확인하였다. 보다 정 확한 분류를 위해 이후 목이버섯 균주들의 형태적 특성을 관찰하여 각 종의 특성과 일치하는지 확인이 필 요할 것으로 판단된다.