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자폐스펙트럼장애는 신경발달장애로 사회적 의사소통 및 상호작용 장애와 반복적인 행동의 특징이 있다. 자폐 스펙트럼장애의 자율신경기능 조절장애로 인한 다양한 문제행동은 비장애인들이 이해하고 수용하는데 어려움 이 있다. 본 연구의 목적은 운동재활이 자폐스펙트럼장애 어린이의 자율신경기능에 미치는 영향을 확인하는 것이다. 본 연구의 대상은 연구 참여에 동의한 자폐스펙트럼장애 어린이 24명으로 통제군 14명, 운동군 10명 으로 구분하였다. 운동재활은 운동지도자와 자폐스펙트럼장애 어린이의 일대일 비율로 회당 40분씩 주 2회 총 24주간 프로그램을 실시하였다. 자율신경기능은 SA-3000P(MEDICORE, Korea)를 이용하여 자율신경계의 활성화와 비율 및 균형을 측정하였다. 본 연구의 결과는 운동군의 부교감신경 활성인 High Frequence(HF)는 집단별과 시기별 상호작용이 있었으며, 교감신경 활성인 Low Frequence(LF), Very Low Frequency(VLF)는 감소하였다. 즉, 운동재활에 참여한 자폐스펙트럼장애 어린이들의 자율신경계 활성은 증가하였다. 또한, 운동 재활에 참여한 자폐스펙트럼장애 어린이의 부교감신경의 비율인 HF%는 증가하였고, 교감신경의 비율인 LF% 와 균형인 LF/HF ratio은 감소하였으며, 자율신경을 의미하는 Total Pressure(TP), Standard Deviation Normal to Normal(SDNN)은 증가하는 것으로 불균형적인 자율신경기능의 균형적으로 변화하였다. 즉, 운동재 활은 자폐스펙트럼장애가 있는 어린이의 교감신경과 부교감신경의 비율과 균형을 유지하는데 긍정적인 효과를 보여주었다. 따라서 자폐스펙트럼장애 어린이의 지속적인 운동재활의 참여는 자율신경기능의 정상화에 효과적 인 치료적 대안이 될 수 있고, 나아가 자폐스펙트럼장애 어린이들이 비장애인 어린이들과 어울려 함께 체육 및 스포츠 활동을 하는 데 중요한 역할을 담당 할 수 있을 것이다.