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국내 주요 식용 버섯 중 하나인 양송이(Agaricus bisporus)는 국내 품종의 희소성으로 인해 생산량 및 수출 량이 제한적인 실정이다. 이에 따라 새로운 품종의 개발이 절실히 요구되고 있다. 그러나 신품종 육성에 요구되는 형질특성 연구는 아직 미진한 실정이다. 본 연구에서는 육안으로 형질이 뚜렷한 버섯의 색을 대 상으로 기초적인 유전 정보를 얻기 위하여 서로 색이 다른 두 품종 (갈색, ASI1146 strain 과 백색, ASI1337 strain)에 대하여 RNA-seq 분석과 real-time RT-PCR 을 실시하여 유전자 발현을 비교하였다. RNA-seq 결과를 통해, 갈색 품종의 polyphenol oxidase 1, 2, 3 및 prephenate dehydrogenase gene 발현이 더 높았음을 알 수 있었다. Real-time RT-PCR 결과 또한 갈색 양송이에서 polyphenol oxidase 2, 4, tyrosinase 및 prephenate dehydrogenase gene의 발현이 높았다. 이러한 결과는polyphenol oxidase, tyrosinase, prephenate dehydrogenase gene이 양송이의 색 형성에 관련된 marker gene 후보군으로 활용될 가능성을 시사하였다.