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느타리버섯은 자웅이주성으로 4극성 교배형을 갖는다. 이러한 특징 때문에 품종 개발에 있어 서 많은 노력과 시간을 필요로 하고 있다. 육종방법은 보편적으로 단핵균주를 이용한 교잡방법 (Mon-Mon)과 Di-Mon법을 이용하고 있으나 최근에는 교잡효율이 높은 Di-Mon 법을 느타리 버섯의 육성에 많이 이용되고 있다. 또한 느타리버섯에서 육종효율 증진방안으로 미토콘드리아 마커를 개발하여 품종구분에도 이용하고 있다. 본 실험에서는 세포질전환 균주를 만들기 위해 이러한 분자마커와 Di-Mon 교배법으로 세포질전환균주를 만들었다. 우성 먼저 느타리버섯 수 한3호와 흑변이체의 교잡종인 ‘다굴’의 이핵균주에 수한1호의 단핵균주와 교잡하여 220여개의 교잡주를 얻었다. 여기에 1차로 미토콘드리아 microsatellite DNA 마커 (MtPO1)를 이용하여 단핵균주 수한1호의 미토콘드리아 밴드를 형성하는 교잡주 86개를 획득하였다. 이 중에서 URP 프라이머를 이용하여 ‘다굴’의 2핵균주 핵 DNA 패턴을 가진 16교잡주를 선발하였다. 선 발된 16 교잡주의 자실체 특성을 조사하였다. 이러한 방법은 많은 교잡주를 가지고 특성 검정 하였던 것을 적은 교잡주를 가지고 대량으로 빠르게 검정할 수 있다.