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최근 대규모화가 증가추세인 병재배농가는 배지제조부터 수확까지 환경조절에 의해 이루어지므로 청결유지가 가장 안정생산에 주요 요인으로 시설형태와 각각의 재배단계에 따른 오염발생 조사를 통해 오염율을 저감할 수 있는 방안모색이 시급한 실정이다. 이에, 본 연구는 재배 농가를 대상으로 냉각실 접종실의 분리 여부, 탈병장과 배양실의 연결 여부에 따라 3타입으로 농가를 구분하여 오염 이력조사를 실시하였다. 시설별 낙하균밀도, 오염율, 멸균시간 및 멸균시 온도변화측정 등을 통해 오염요인을 분석하였다. 각 조사는 계절별 2회 조사를 실시했으며 춘계조사의 결과 냉각실, 접종실 이 분리되어 있고 탈병장이 배양실과 떨어져 있는 B타입농가의 낙하균 밀도가 가장 낮았으며 오염 률 또한 가장 낮았다. 냉각실 접종실이 분리되지 않고 탈병장이 배양실과 복도로 연결되어 있는 C 타입농가의 경우 배양실의 세균류와 곰팡이류의 오염률이 각각 B농가의 228배, 36배 높았다. 냉각 실과 접종실은 분리되어 있지만 탈병장이 배양실과 연결되어 있는 A타입의 농가는 배양실에 있어 서 세균류는 B농가보다 6.4배 곰팡이류는 4.7배 높았다. 계절별로는 봄보다 여름에 오염률이 더 높 은 결과를 보여주였다. 오염발생 병으로부터 오염균을 분리한 결과 푸른곰팡이병을 일으키는 Trichoderma속이 가장 많았으며 세균으로는 Chryseobacterium속이 많았다. 시설별 낙하균에서 분리한 오염균으로는 곰팡이류의 경우 Trichoderma속, Penicillium속, Aspergillus속 순으로 높은 오 염율을 보였다. 세균의 경우 Bacillus속과 Pseudomonas속의 오염율이 높았다. 병재배농가 오염에 가장 큰 영향을 미치는 크린부스, 냉각실, 접종실, 배양실의 청결관리가 오염율을 낮추는 주요 요인 으로 판단된다.