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새송이버섯은 우리나라에서 자생하지 않고 남유럽, 중 앙아시아 등에서 자생하는 외국도입 품종이지만 국내에 서 대량생산 방법이 개발되어 수출도 하는 효자 버섯으로 수출품종 대부분이 로얄티를 지불해야 하는 실정이다. 이 러한 현실을 타개하기 위해서는 품종 육성이 가장 급선 무로서 먼저 육종마커 개발이 필수적이다. 우리는 새송이 버섯의 자실체 특성을 검정하였고, 우수균주로 선발된 새 송이버섯을 가지고 기존의 URP 프라이머를 이용하여 분 석한 결과 genotype이 차이가 없어 미토콘드리아 유전 자 cytochrome c oxidase(cox), DNA polymerase(Dpol), RNA polymerase(Rpol), NADH dehydrogenase(nad) 및 microsatellite 등의 프라이머를 디자인하여 증폭한 결과 다 양한 결과가 도출되었다. microsatellite를 이용한 프라이머 에서는 4가지 유형의 밴드가 나타났으며, cox, rpol 등에서는 특이한 밴드가 증폭되어 scar마커로서 이용가능성을 보여주 었다.