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느타리버섯은 우리나라에서 가장 생산량이 많은 버섯으로 2002년 품종보호제도에 의해 가장 먼저 대상버섯으로 결정되어 현재 14개 품종이 품종보호출원 등록이 되어 있다. 그러나 시판되고 있는 품종은 품종생산판매신고만으로 판매가 가능하여 현재 80여 품종이 보급되고 있는데 이중 일부는 동일한 품종이 다른 이름으로 판매되어 농가의 느타리재배에 혼선을 일으키고 있다. 따라서 본 연구에서는 느타리버섯 품종 가운데 가장 많이 재배되는 원형, 수한, 춘추2호에 대한 특이 분자마커를 개발하고 품종간 구분을 위하여 RAPD를 이용하였다. 우선 공시된 79개 시판품종을 대상으로 유사한 밴드양상을 보이는 품종을 정리하여 18품종으로 DNA 밴드 팬턴을 검색하여 세 품종에 대한 특이밴드를 찾았다. 3가지 품종에서 타품종에 없는 특이밴드의 단편을 elusion하여 cloning하고 sequencing하여, 그 염기서열 정보를 바탕으로 500~1,000bp 크기의 PCR 산물을 얻을 수 있도록 프라이머를 설계하였다. 이들 프라이머를 이용하여 공시품종에서 원형, 춘추2호, 수한 품종에 대한 특이밴드를 보이는 SCAR (Sequence characterized amplified region) 마커를 개발하기 위해 실험을 수행했다. 실험에 사용된 전체 154개 random primer중에서 3개의 표준품종에만 형성되는 특이 밴드를 보인 primer는 춘추2호에서 2개, 원형에서 14개, 수한에서 3개로 나타났다. 젤에서 추출한 특이 band의 사이즈는 700~1300bp정도였으며, 특히 원형느타리에서 특이밴드를 보이는 primer가 많이 나타났다. 그러나 특이밴드로부터 유래한 염기서열 정보를 바탕으로 제작된 프라이머는 대개의 경우 세 개 품종에 대한 유일하고도 명확한 단일밴드를 보이지는 않았다. RAPD 결과에서는 random primer 종류 중에서 OPH primer가 원형느타리에서 7개의 특이밴드를 나타내어 그 자체로 밴드 다양성이 이용될 수 있을 것으로 생각되었다.