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느타리버섯은 우리나라에서 가장 생산량이 많은 버섯으 로 2002년 품종보호제도에 의해 가장 먼저 대상버섯으로 결정되어 현재 14개 품종이 품종보호출원 등록이 되어 있 다. 그러나 시판되고 있는 품종은 품종생산판매신고만으 로 판매가 가능하여 현재 80여 품종이 보급되고 있는데 이 중 일부는 동일한 품종이 다른 이름으로 판매되어 농가의 느타리재배에 혼선을 일으키고 있다. 따라서 본 연구에서 는 느타리버섯 품종 가운데 가장 많이 재배되는 원형, 수 한, 춘추2호에 대한 특이 분자마커를 개발하고 품종간 구 분을 위하여 RAPD를 이용하였다. 우선 공시된 79개 시판 품종을 대상으로 유사한 밴드양상을 보이는 품종을 정리 하여 18품종으로 DNA 밴드 팬턴을 검색하여 세 품종에 대한 특이밴드를 찾았다. 3가지 품종에서 타품종에 없는 특이밴드의 단편을 elusion하여 cloning하고 sequencing 하여, 그 염기서열 정보를 바탕으로 500~1,000bp 크기의 PCR 산물을 얻을 수 있도록 프라이머를 설계하였다. 이들 프라이머를 이용하여 공시품종에서 원형, 춘추2호, 수한 품종에 대한 특이밴드를 보이는 SCAR (Sequence characterized amplified region) 마커를 개발하기 위해 실 험을 수행했다. 실험에 사용된 전체 154개 random primer중에서 3개의 표준품종에만 형성되는 특이 밴드를 보인 primer는 춘추2호에서 2개, 원형에서 14개, 수한에 서 3개로 나타났다. 젤에서 추출한 특이 band의 사이즈는 700~1300bp정도였으며, 특히 원형느타리에서 특이밴드 를 보이는 primer가 많이 나타났다. 그러나 특이밴드로부 터 유래한 염기서열 정보를 바탕으로 제작된 프라이머는 대개의 경우 세 개 품종에 대한 유일하고도 명확한 단일밴 드를 보이지는 않았다. RAPD 결과에서는 random primer 종류 중에서 OPH primer가 원형느타리에서 7개의 특이밴 드를 나타내어 그 자체로 밴드 다양성이 이용될 수 있을 것 으로 생각되었다.