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최근 들어 정부와 더불어 지자체의 연구개발투자도 비약적으로 증가하고 있다. 하지만 기업의 기술혁신에 있어 지자체 지원의 효과성에 관해서는 많은 논쟁이 있다. 특히 지자체의 R&D사업이 중앙정부의 사업에 비해 효율화가 더 시급하다는 지적도 있다. 그 동안 정부 R&D 지원사업의 효과성에 대해 연구가 많이 늘었다. 하지만 지자체가 주도하는 R&D사업에 대해서는 거의 분석된 바 없다. 동시에 기존 연구의 방법론에 대한 문제점도 많이 지적된다. 본 연구에서는 특히 경기도에 설립된 한 바이오분야 공공연구기관이 수행하는 기술지원사업을 대상으로 그 성과를 분석하고자 하였다. 특히 선행연구를 통해 자주 지적되었던 제약과 선택편의나 가산변수에 수반되는 분석 상의 문제를 명시적으로 고려하고, 다양한 성과변수를 활용하여 사업의 성과에 접근하였다. 분석 결과, 동 기관의 지원사업은 성과변수 중 연구개발비, 특허등록수, 그리고 연구인력 규모에 대해 긍정적인 효과를 확인할 수 있었다. 그러나 지원기업을 선택함에 있어 지자체의 연구개발사업에 참여한 경험이 영향을 미치는 것으로 나타나 중복수혜의 문제와 더불어 정책효과의 한계도 예상된다고 하겠다.