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PCR-DGGE 방법을 이용한 북한강 수계 호수의 플랑크톤 군집 분석

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Plankton community analysis in the lake of North-Han river system using PCR-DGGE method

김윤정, 김민경, 이상돈

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초록

영어

Taxonomic identification of phytoplankton has been a difficult task, even for the experienced taxonomist. Many non-descript, yet abundant, phytoplanktons do exist without distinguishing features which cause difficulties in morphological identification. Using PCR(polymerase chain reaction)-DGGE(denaturing gradient gel electrophoresis)method, which is known to be a powerfulfingerprinting technique to analyze diversity and dynamics of microbial populations, this study aimed to find the way to overcome the limitation of morphological identification. As a result, a total of 46 bands from samples in five lakes were detected in September and 27 bands in November. Fingerprinting results showed convenient and comparative analyses among each sampling site. In this study, PCR-DGGE method was used to figure out diversity and dynamics of plankton community in the lakes of North-Han River system. Also, the possibility of DGGE technique as an identification tool for phytoplankton was estimated.

한국어

식물플랑크톤의 동정은 숙련된 전문가에게도 어려운 과제이다. 별 특징없는 외형과 다양한 크기와 종은 형태학적으로 구분하기에 어려움이 있다. 본 연구에서는 미생물 군집의 다양성을 분석하는데 효과적인 fingerprinting 기법인 PCR-DGGE 방법을 사용하여 이런 형태학적 동정의 제한점을 보완하고자 하는데 목적이 있다. 5곳의 호수 샘플로부터 2008년 8월 총 46개의 band를 찾을 수 있었고, 2008년 11월 총 26개 band를 찾 을 수 있었다. 이 fingerprint 결과는 각각 다른 샘플링 장소를 비교하는데 용이하였다. 본 연구에서 PCR-DGGE 방법은 북한강 호수들의 플랑크톤 군집의 다양성을 파악하는데 사용되었고, 이 DGGE 기법이 플랑크톤의 동정 기법으로써의 가능성을 검토해보았다.

목차

요약
 Abstract
 1. 서론
 2. 재료 및 방법
  샘플링 및 DNA 추출
  PCR-DGGE 분석
  18S rRNA gene의 염기서열 및 이미지 분석
 3. 결과
  DGGE profile 분석
  18S rRNA gene의 sequencing 분석
  북한강 수계에 대한 호수별 군집 양상
  북한강 수계에 대한 시기별 조사결과 비교
 4. 고찰
 참고문헌
 Appendix

저자정보

  • 김윤정 Yoon-Jung Kim. 환경정책평가연구원 연구원, 이화여자대학교 에코과학부 석사
  • 김민경 Min-Kyung Kim. 이화여자대학교 환경공학과 박사과정, 이화여자대학교 환경공학 석사
  • 이상돈 Sang-Don Lee. 이화여자대학교 환경공학과 교수, 환경생태학 박사

참고문헌

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