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본 논문에서는 禪思想 특히 『金剛經』을 중심으로 한 禪經에 드러난 선사상을 고찰함으로써 현대과학 특히 현대물리학을 중심으로 한 자연과학과 선의 회통을 시도하였다. 선의 과학적 이해의 한 시도로서 『금강경』에 드러난 生物觀과 物質觀을 과학적으로 살펴보았으며, 이들과 현대과학의 생물관과 물질관과 비교하여 보았다. 다아윈의 進化論을 바탕으로 생물의 진화발달 과정이 비슷한 유형끼리 분류한 魚類, 鳥類, 兩棲類, 爬蟲類, 哺乳類의 五類分類와 불교의 輪廻論을 바탕으로 생명의 탄생과정이 비슷한 유형끼리 분류한 四生分類 즉 난생, 태생, 습생, 화생의 분류는 상호배타적이지 않으면서 각각 분류상 완전성을 취득하여 상호호환적임을 살펴보았다. 또한 그리스 자연철학의 原子論에서 시작되어 현대물리학의 초끈이론에 이르는 과학의 물질관에서는 ‘물질의 근원을 소립자다, 파동이다, 에너지다, 혹은 끈이다.’라고 하는 관점과 불교의 물질관에서는 ‘모든 물질은 실상이 아니며, 허상이다.’라고 주장하는 관점과 비교 검토하여 보았다. 만약 이러한 불교의 생물관 및 물질관이 충분히 과학적인 것으로 밝혀진다면, 과학자들은 禪修行을 과학의 방법론으로 수용하는 것을 진지하게 검토할 수 있는 근거가 될 것이다. 과거 약 15년 동안 현대 서양사회에서 명상수행을 중심으로 하는 불교의 성장세는 가히 혁신적이라고 할 수 있으나, 선과 과학의 학술적 만남은 초기 단계로 볼 수 있다. 양 분야의 상호접근이 활발하여 불교의 과학적 이해와 과학의 불교적 이해가 학술적으로 이루어질 때 불교는 敎化의 현대적 창구를 마련할 수 있으면서 동시에 불교의 응용성을 높여갈 수 있고, 과학은 미래의 연구방향에 대하여 불교로부터 도움을 받을 수 있으며 또한 불교의 방법론 즉 禪修行을 원용할 때 과학의 혁신적 발전을 이룰 수 있겠다. 이러한 시도들이 다양한 禪典을 통하여 이루어져 선과 과학이 선수행의 방법론으로써 회통하여 함께 발전할 때 우리는 현대 서구사회를 중심으로 팽배한 총체적인 위기를 심리적 정신적으로 극복할 수 있으면서도 동시에 과학기술을 새로운 패러다임 안에서 지속적으로 발전시킬 수 있으리라 의심치 않는다.