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통합적 환경관리의 구현을 위한 수단으로 오염물질 통합관리, 오염배출원 통합관리, 지역환경 통합관리의 3가지 방법이 거론되는데, 이러한 통합관리 방식을 그대로 도입하는 것은 현실적인 한계가 있으므로 단계적인 접근이 필요한 상황이다. 이를 위하여 여러 가지 구체적인 방법론이 고려될 수 있지만, 국내법을 중심으로 한 외국법제의 전환방식이 가장 효율적ㆍ현실적인 것으로 판단된다. 즉, 기존의 국내법의 규정들을 검토하여 ‘가능한 선에서’ 개정ㆍ신설 등의 입법작용을 통하여 통합적 환경관리 방식을 부분적으로 받아들이는 것이다.이러한 측면에서 현재 우리나라에도 어느 정도 통합적 환경관리를 구현하고 있는 것으로 판단되는 여러 제도들이 있지만, 이들 제도들은 시행초기 단계에 있거나 집행상의 문제점들로 인하여 실질적인 통합관리를 수행하는 데에는 많은 어려움이 있고, 이와 달리 배출시설에 관한 통합관리는 법제도상 어느 정도 가능한 부분이 있다.결론적으로 배출규제제도를 통합적으로 운용하기 위해서는 각 매체별 입법을 정비하여 규정의 내용을 통일하고, 의제규정을 두어 하나의 허가와 신고를 통해 다른 매체의 허가와 신고를 대체하는 방법을 취할 수도 있겠지만, 조직과 절차를 통합하고 법규정을 일의적으로 적용하기 위해서는 배출규제제도를 관장하는 통합법안을 마련하는 것이 타당하다고 생각된다.통합적 배출시설규제를 위한 법률을 제정하기 위해서는 기존의 매체별 입법에 산재해 있는 규정들을 통합하여 하나의 절차로 정리하고 이를 집행하는 조직을 일원적으로 구축하여야 할 것이다. 절차와 관련된 부분은 앞서 논의된 법제도의 구축과 관련된 주요 내용들이 포함되어야 할 것이며, 일원적 조직의 구성은 통합관리를 위한 행정조직의 형태로 구성하되 지자체와의 권한 배분과의 관계에서는 중앙정부를 중심으로 관리조직을 형성할 필요가 있다.그리고 개별규정의 구체적인 내용과 규정상호간의 관계를 설정함에 있어서는 통합환경관리의 의의와 산업시설허가시스템의 목적, 규제순응성이라는 측면을 고려하여야 한다. 기존에 존재하는 제도는 현상을 유지하되 새롭게 도입되거나 기존의 제도가 강화되는 경우에는 피규제자의 반발을 감안하여 단계적으로 도입하는 방법을 고려하여야 할 것으로 보인다. 또한 위반사항에 대한 행정처분은 질서행정상의 직접적 규제수단에만 의지할 것이 아니라 경제적 제재수단을 병용하되 규제준수를 위한 인센티브제도와의 상관성을 고려하여 탄력적인 제도운용이 가능해야 할 것이다.그러나 배출시설규제법의 성공적인 정착을 위해서는 매체별 입법의 통일뿐만 아니라 다른 환경법령과의 관계도 고려해야 한다. 총량관리제나 배출권거래제도, 환경영향평가, 일반적 시설설치제한 등과 같은 제도들은 직ㆍ간접적으로 배출시설규제제도에 영향을 미치기 때문이다. 그러므로 배출시설규제법에서도 타 법률과의 상관성을 고려하여 이에 대한 충분한 배려가 있어야 할 것으로 보인다.배출규제제도의 통합은 통합환경관리의 종착역이 아니라 이를 확대하기 위한 교두보이다. 통합적 배출규제제도의 운용을 통하여 통합환경관리의 허실을 파악하고 우리 지형에 맞는 형태로 이를 변화시켜 나감으로써 점점 강화되어 가는 환경적 수요에 전략적으로 대응해 나가야 할 것이다.