전자세금계산서제도가 도입되어 법인사업자는 2011년부터 의무화되었고, 일정규모 이상의 개인사업자는 2012년부터 의무화된다. 전자세금계산서의 의무발급제도는 납세협력비용의 절감, 자료상 적발 등을 추진배경으로 하고 있다. 그리고 세금계산서와 관련하여 기존의 가산세제도가 존재함에도 불구하고 전자세금계산서제도의 조기정착을 위한다는 명목아래 미발급ㆍ지연발급 등을 이유로 가산세를 추가적으로 부담시키는 것은 과잉입법으로 위헌의 소지도 제기될 수 있다. 이는 세금계산서는 재화나 용역을 공급한 사업자가 부가가치세를 거래징수 한 것을 확인하기 위한 세금영수증임에도 불구하고 전자적 방법으로만 발급을 강제하는 것은 납세자의 기본적인 경제활동의 자유를 침해하는 것으로 볼 수 있기 때문이다. 따라서 본 연구논문에서는 시대적인 요구에 부응된다는 점에서 기본적으로 전자세금계산서제도 도입을 긍정하면서, 한편으로 동 제도의 도입으로 세금계산서의 본질적인 기능이 훼손되지 아니하고, 과세관청의 과세자료의 확보와 세무대리업무의 편의만을 위한 제도로서 납세자의 권익이 침해되지 않도록 하기 위한 개선방안이 무엇인지 연구하였고, 그 결과는 다음과 같다. 첫째, 전자세금계산서와 종이세금계산서를 병용하여 발급하고 전자세금계산서 관련 가산세는 폐지하여 납세자가 자발적으로 참여할 수 있는 인센티브를 제공하는 방법으로 바뀌어야 할 것이다. 둘째, 현행 전자세금계산서제도를 그대로 존속시킨다면, 제도의 실효성을 높이기 위한 방법으로는 ①전자세금계산서 발급ㆍ전송세액공제의 건별한도와 연간한도를 높일 필요가 있으며, 이를 한시적이 아닌 영구적으로 지원하는 방법으로 개정되어야 할 것이다. ②전자세금계산서의 정착을 위해서는 간이과세자제도를 폐지하거나 간이과세자에게 최소한 매입세액공제를 위하여 매입처별세금계산서합계표의 제출을 의무화할 필요가 있다. ③공급자의 잘못으로 전자세금계산서를 지연수취 한 경우 매입처별세금계산서합계표의 불성실신고에 대한 가산세는 폐지되어야 하고, 공급시기가 당해 과세기간에 속하는 기간 이후에 발급받은 세금계산서일지라도 그 거래사실이 확인되는 경우에는 매입세액공제를 인정해야 할 것이다. ④법인사업자의 전자세금계산서 의무발급기준을 직전년도공급가액이 10억원 이상인 경우로 상향조정하여 그 대상을 축소함으로서 소규모 영세법인을 보호할 필요가 있다.

Adoption of electronic tax invoice system became mandatory for juristic personal entrepreneur from year 2011, and for natural personal entrepreneur with a certain size from year 2012. The background of mandatory system of electronic tax invoice issuance comprises cost saving for tax payment cooperation, uncovering of tax fraud by documentary inspection etc. Therefore, this paper suggests improvement measures for this system, so as to avoid the system to be favoring taxing authority's convenience in taxing evidence collection and tax agency works neglecting of the fundamental function of tax invoice - faithful tax payment by taxpayers. Firstly, electronic tax invoice and paper tax invoice shall be used in parallel. removing the additional tax related with electronic tax invoice. By providing incentives to taxpayers to participate in electronic system voluntarily, all problems may be cleared. Secondly, if electronic tax invoice system has to survive, the following measures are required for efficacy of this system; ① Threshold for tax deduction for each issuance and annual total issuance of electronic tax invoice and submission shall be increased, and the law need to be amended as permanent rather than limited life law. ② For settling down of electronic tax invoice system, it is necessary that simplified taxpayer system is either removed or compulsory submission of tax invoice sum table perby each purchaser shall at least be adopted for purchaser tax amount deduction to simplified taxpayer. ③Threshold for mandatory issuance of electronic tax invoice by juristic personal entrepreneur need to be raised to 1 billion won of total supply amount in the previous fiscal year, so as to protect petty entities.

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