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혈청 내 존재하는 효소 중 Glutamic pyruvic transaminase(GPT)는 근육이나 간세포의 손상에 대한임상 화학적 지표로 사용 된다. 본 연구는 Landrace와 한국재래돼지의 F2 교잡 축군(N=1,105)에 대해Porcine SNP 60K beadchip을 사용하여 유전자형 분석을 실시하고, GPT 형질과의 관련성을 검증하기위해 Genome-Wide Association Study(GWAS)를 수행하였다. F2 교잡축군의 가계구조를 보정한GWAS를 수행하기 위하여 혼합모형과 회귀분석을 조합한 GRAMMAR방법을 관련성 분석에 사용 하였다. 유의성 있는 SNP 표지들은 Sus scrofa chromosome(SSC) 6, 7, 그리고 13에서 동정되었다. 이들유의성 있는 SNP marker들에 가장 근접한 염색체상 위치의 유전자를 그 유전자의 기능을 고려하여SSC7에서 2개의 위치후보유전자(BCL11B, AHNAK2)를 선정하였다. Pyrosequencing법을 통하여 이 들유전자 내에 존재하는 4개 SNP 표지들의 유전자형을 분석하여 GPT 형질간의 관련성 분석에 이용하였다. 관련성 분석결과, BCL11B g.267 T>C에서 nominal P=7.23×10-8 과 AHNAK2 g.1439 C>T에서nominal P=5.64×10-6, g.1736 C>A에서 nominal P=3.51×10-6의 결과를 얻었다. 이 들 중 가장 유의한 결과를 얻은 BCL11B 유전자의 g.267 T>C SNP 표지는 추가 연구를 통하여 혈청 GPT 변이에 영향을 미치는 위치상 후보 유전자 표지로 사용 되어 질 수 있을 것이라 사료되어진다.
Serum glutamic pyruvic transaminase(GPT) levels can be used as an indicator of muscle andliver cell damage affecting health status. In this study, a genome-wide association study(GWAS)was performed to detect significant single nucleotide polymorphisms(SNPs) affecting serum GPTlevels in a large F2 intercross between Landrace and Korean native pigs (N=1,105) using theporcine 60K chip, and a mixed-effects model approach accounting for familial relationshipsbetween individuals in this intercross. The significant SNPs were identified on Sus scrofachromosome(SSC) 7. Two positional candidate genes on SSC7, BCL11B and AHNAK2, were subsequently selected and further investigated. Within these positional candidate genes, fourSNPs were identified and genotyped using the pyrosequencing. The results revealed that theSNP(g.267 T>C, nominal P=7.23×10-8) in the BCL11B, and SNPs(g.1439 C>T, nominalP=5.64×10-6; g.1736 C>A, nominal P=3.51×10-6) in the AHNAK2 gene were associated withserum GPT levels, respectively. Based on its statistical significance, the BCL11B can be used asa promising candidate gene for further functional investigations.
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Positional candidate gene, GPT, Landrace, KNP, SNP chip
