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본 연구는 공공부문 효율성 분석에서 최근 활용도가 높아지고 있는 변경분석방법인 DEA와 SFA 두가지 방법론을 활용하여 학술연구지원사업의 효율성을 측정하였다. 개인연구 또는 소규모 공동연구를 지원하는 9개 세부사업 4,375과제를 대상으로 DEA 및 SFA 분석을 실시한 결과 기본적으로 과제단위와 사업단위 분석모형에서 효율성이 상위인 사업들이 서로 다르게 나타나고 있음을 확인하였다. 특히 신진교수지원사업 선도연구자지원사업 등 단기 연구로 투입부분이 적은 과제들의 효율성이 DEA 분석에서 상대적으로 높게 나타난 반면, SFA 분석에서는 연구기간이 길고 실적이 상대적으로 많은 순수기초연구그룹, 선도과학자지원사업 등의 효율성이 높은 것으로 나타났다. 이러한 결과는 사업의 성격과 투입 및 산출변수의 특성을 고려하여 이들 방법론을 상호 보완적으로 적용할 필요가 있음을 보여주고 있다.