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새로 개발된 식물 품종에 대하여 우리나라는 1946년 특허법에서 괴경을 제외한 무성번식 식물을 특허의 대상으로 한 이래 2006. 3. 3. 유성번식 식물을 특허의 대상에 포함하였으며, 1995. 12. 6. 종자산업법을 개정하여 우수한 식물신품종을 품종보호권으로 보호하고 있다. 신규 식물 품종이 특허받기 위해서는 육종된 신규 품종으로서 반복재현성, 산업상 이용가능성, 신규성, 진보성이 있어야 하고, 품종보호권으로 보호받기 위해서는 1년 이상 상업적으로 판매되지 않은 것으로 공지된 품종과 구별되고, 균일성, 안정성, 고유의 품종명칭 등의 요건을 구비하여야 하며 유전자변형생물체인 경우에는 추가로 위해성 검사를 거쳐야 한다. 이와 같이 특허법과 종자산업법은 보호대상, 보호요건, 보호기간, 심사방법, 심판제도 등에 차이가 있으며, 동일한 신규식물에 대하여 어느 법으로 먼저 출원하는지에 따라 신규성 상실 여부에 차이가 있다. 특허법에는 식물발명의 특수성을 고려한 규정이 없어 식물발명의 실시 개념, 효력범위 등에 해석상 혼란이 있다. 향후 새로이 개념을 정의하고 보호대상을 확대하고 기탁제도를 채택하는 등의 입법적 조치가 필요하다.