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日本の近代の宗教政策は、不安定な政治基盤の中ではじまった明治新政 府が、天皇を中心とした祭政一致の政治体制を作るといった目的で開始された。それは、神仏分離令によって、実質的な国教の地位にあった仏教勢力を排除し、神道を国教の地位に据えようとした試みとして現われた。しかし、宗教的な基盤、制度を持っていなかった神道を中心とした国民の教化運動である大教宣教運動は直ぐに行き詰まりをみせた。明治政府は方針を転換して、佛教勢力も取り込んで神仏合同での宣教運動を開始した。しかし、この神仏合同宣教運動も不満をもった仏教教団が次々と離脱し、霧散してしまった。この過程において、森有礼、島地黙雷らは政教分離と信教の自由を求める理論を展開し、政府への政策の転換を求めた。これらの明治初期の宗教政策やそこに現われた政教分離、信教の自由を求める理論は、後に制定される大日本帝国憲法や宗教団体法、さらには、国家神道の成立に様々な面で影響を与えた。この意味からも、明治初期の宗教政策とその歴史的な展開は、近代国家成立に至るまでの極めて重要なプロセスであったと言える。